A történelem azonban nem hozott hosszú békeidőt és töretlen virágzást ezután sem: hamarosan megérkeztek a törökök. Bár az oszmán hódoltság idején a megye legnagyobb része a magyar királysághoz tartozott, ez mégsem nem jelentett túlságosan nagy előnyt: az erdélyi fejedelmek és a törökök felváltva pusztítottak a tájon. Később a megye csatlakozott Thököly Imre németellenes függetlenségi harcához, így a németek személyében újabb ellenségre tett szert. De a megye túlélte ezeket a „zivataros századokat” is, és viszonylagosan megerősödve, majd a XVII. században szinte teljesen protestánssá válva (1687-ben Szabolcs vármegyében már csak két jelentősebb katolikus gyülekezet, a nagykállói és a kisvárdai kerül említésre) lépett be egy újabb háborúba, ezennel a Habsurgok ellen. Bereg jobbágyai a tarpai Esze Tamás vezérlete alatt álltak II. Rákóczi Ferenc fejedelem zászlaja alá első nagy Habsburg-ellenes függetlenségi háborúnkban. A fejedelem 1703-ban a Tisza és a Szamos találkozásánál várossá nőtt Vásárosnaményból intézett tüzes hangú kiáltványt Szabolcs vármegyéhez, melynek hatására több vár (Vaja, Ibrány, Kisvárda) csatlakozott hozzá a harcokban. A szabadságharc egyik legutolsó felvonása is a megyében zajlott: 1711-ben, Rákóczi vajai várkastélyában találkozott a magyar és a császári hadak vezérkara, hogy megtárgyalják a békefeltételeket.

 

A szabadságharc bukása után a harcokban elpusztult falvakba német ajkú, valamint szlovák és ruszin telepesek érkeztek, de zárt közösségekben csak néhány településen maradtak fent (pl. Nyíregyháza, Vállaj). A telepesek által jócskán gyarapodott a megyében élő római és a görög katolikus vallásúak száma, és egyre több evangélikus egyházközség is szerveződött. A Kállay család jóvoltából Nagykállóban, a Károlyiaknak hála pedig Nagykárolyban épült állandó megyeháza (az 1700-as évekre Szatmár vármegyének kb. egyharmadát foglalta el a Károlyi uradalom), és nagy lendületet kapott a templomok és udvarházak építése is.

 

A XIX. század felvilágosult gondolkodóinak és a minden magyar embert büszkeséggel eltöltő reformmozgalmaknak olyan jeles képviselői éltek e vidéken, mint nemzetünk himnuszának költője Kölcsey Ferenc, a Kossuth-kormány egyik kormánybiztosa Eötvös Mihály, a 48-as törvényealkotó Bónis Sámuel, és az MTA egyik alapítója Károlyi György, aki Széchenyi István és Wesselényi Miklós mellett a reformkor legnagyobb formátumú alakjai közé tartozik

 

Az 1848-49-es forradalmunk és szabadságharcunk idején a híres-hírhedt 48-as szabolcsi zászlóalj többször kivívta Kossuth Lajos kormányzónk elismerését. A 48-asok legendás hírű parancsnoka, Rakovszky Sámuel, saját testére csavarva, életét kockára téve menekítette ki Komáromból azt a csapatzászlót, amely napjainkban a Jósa András múzeum egy legféltettebb büszkesége. A szabadságharc bukása utáni 1850 és 1880 közötti időszak legjelentősebb eseménye, hogy befejeződött a megye földrajzi arculatát jelentősen átformáló nagy munka, a Tisza és a Szamos folyók szabályozása. Kiépült a –szinte máig változatlan formában meglévő– vasúthálózat is, megszülettek az első ipari üzemek. Szabolcs vármegye székhelyét Nagykállóból Nyíregyházára, Szatmár vármegyéét pedig Nagykárolyból Szatmárnémetibe helyezték át.

 

A XX. század pusztítással köszöntött be: az első világháború jelentős emberáldozatokat követelt a megye lakóitól is. A harcokat lezáró, ám a problémákat csak tetéző, igazságtalan és gyalázatos trinanoni békediktátum után csehszlovák, illetve román határon túl rekedt négy vármegyéből megmaradt ungi részeket Szabolcshoz csatolták; Szatmár, Bereg és Ugocsa maradványaiból pedig új megyét hoztak létre. A szétszakított, megcsonkított, földrajzi és gazdasági kapcsolataiktól mesterségesen elválasztott részeken csak nagyon nehezen indult meg az élet. Újra ki kellett építeni a közlekedés, a kereskedelem és a nyersanyagfeldolgozás csatornáit, a emberi traumák következményeit pedig mind a mai napig saját bőrén tapasztalja az ország.

 

A második világháború sem kímélte a megyét: a harcokban hadszintérré változott, jobb sorsra érdemes vidék további csapásokat szenvedett, melyekben óriási ember- és anyagi veszteségeket kellett elviselni az ittenieknek. Különösen súlyos harcok voltak Nagykálló környékén és a Tisza vonalában. A háború utáni 1945-ös földosztáskor 65045 család kapott földet a megyében. A rövid ideig tartó fellendülés után következő, egyre elviselhetetlenebbé váló kommunista diktatúra az 1956-os forradalom- és szabadságharc eseményeibe torkollt. Bár a budapestihez hasonló véres harcokra itt nem került sor, azért a megyében is sokan álltak ki a forradalom értékeiért, és ugyancsak sokan szenvedtek az elbukott harcokat követő –mindmáig büntetlen– megtorlástól és terrortól.

 

Az 1960-as évek során jelentősen fejlődött a mezőgazdaság és az ipar, gazdagodtak, modernizálódtak a települések, azonban összességében továbbra is jelentős maradt a megyének az ország nyugati részeihez viszonyított elmaradottsága, hátrányos helyzete. A Kádár-rendszer puha diktatúrájában a megye –az ország többi részéhez hasonlóan– élvezte a gulyáskommunizmus külföldi hitelekből finanszírozott előnyeit, és szenvedte a rendszerből fakadó, a jövő ellehetetlenülését, a vállalkozószellem és az egyéni kezdeményezőkészség szinte teljes eltűnését eredményező hátrányokat. Az 1989-ben bekövetkezett demokratikus fordulatot, majd a szabad választásokat követően kiépülő piacgazdaság azonban új lehetőségeket teremtett a felzárkózásra. A megye földrajzi kincseit, csodaszép természeti környezetét, lakóinak kitartó, eltökélt munkáját előtérbe helyezve mód nyílhat a kitörésre, hiszen napjainkban egyre felkapottabb lett a falusi turizmus, egyre több városi ember vágyik vidéki környezetbe, ahol friss levegő, érintetlen növény- és állatvilág, kellemes, eddig nem érzett ízek és kalandok várják, és ahol új élményekkel gazdagodva, kipihenten, élettel telve térhet vissza az eddig megszokott városi környezetébe.